Maar vooral de aanslepende oorlog in Noord-Oeganda is een smet op Museveni’s blazoen. Rebellen van de ’Lord’s Resistance Army’, bestaande uit commandanten uit de regimes van Amin en Obote, voeren er al twintig jaar strijd. De ongeletterde rebellenleider Joseph Kony, een religieus fanaticus die het midden houdt tussen een sekteleider en een guerrillastrijder, wil de regering van Museveni omvergooien en het land besturen volgens de Bijbelse Tien Geboden.
Met dat doel voor ogen doodt hij burgers, vooral van zijn eigen Acholi-stam, die hij verdenkt van sympathie met de regering, en ontvoert hij massaal kinderen die zijn rangen moeten vullen en zijn leger groot en sterk moeten maken. Kony krijgt steun van buurland Soedan, dat een manier ziet om Museveni - die de christelijke rebellen van Zuid-Soedan steunt in hun strijd tegen de moslim-fundamentalistische regering - van de macht te verdrijven. Er zijn al meer dan honderdduizend mensen omgekomen in de oorlog in Noord-Oeganda. Meer dan anderhalf miljoen burgers waren tussen 2000 en 2005 op de vlucht en woondend in mensonterende kampen.
Meer dan dertigduizend kinderen, vanaf de leeftijd van vijf jaar, werden de afgelopen jaren uit hun huizen en scholen ontvoerd door gewapende rebellen van de Lord’s Resistance Army. De ontvoeringen gaan vaak gepaard met wreedheden. Kinderen die huilen om hun ouders, moeten toekijken hoe hun vader of moeder wordt doodgeslagen of levend verbrand. Sommigen worden gedwongen hun eigen ouders te doden.